Trong điều kiện áp lực dịch hại cây trồng ngày càng phức tạp và định hướng phát triển ngành nông nghiệp về năng suất, chất lượng, an toàn, hiệu quả và thân thiện với môi trường, nên việc quản lý và sử dụng hợp lý thuốc BVTV, phòng ngừa ô nhiễm môi trường cần được chú trọng hơn. Thời gian qua, CSRD phối hợp với một số ban, ngành liên quan đã chọn thí điểm tại 5 huyện với 90 hộ dân và 15 đại lý cấp 2 để tiến hành điều tra, khảo sát thực trạng sử dụng, cung ứng thuốc BVTV của người nông dân. Hoạt động này của dự án tuy không mới nhưng nhằm xới xáo, đánh động lại vấn đề đang tiềm ẩn nguy cơ đe dọa rất lớn đến sức khỏe con người, gây ô nhiễm môi trường và làm mất đa dạng sinh học.
Qua điều tra khảo sát, thuốc BVTV chủ yếu dùng để phun cho cây lúa, rau màu, lạc và chứa khoảng 30 sản phẩm thương mại thuốc BVTV với gần 10 hoạt chất sử dụng nhiều nhất để kiểm soát các đối tượng gây hại như dịch bệnh, sâu rầy, cỏ, chuột. Dù phần lớn nông dân đã nhận thức về những mối nguy hại của thuốc BVTV đến môi trường, con người, động vật, nông sản, thiên địch, nhưng cũng có một số tỷ lệ nông dân chưa hiểu được tác động tiêu cực của thuốc mà chỉ quan tâm đến hiệu quả kinh tế. Số đông nông dân ở Thừa Thiên Huế đang sử dụng thuốc BVTV theo kinh nghiệm và thường xuyên tăng liều trong kiểm soát dịch hại. Việc xử lý bao bì sau sử dụng và lưu trữ thuốc BVTV chưa tốt, nhiều nông dân vẫn vứt bỏ bao bì trên đồng ruộng hoặc cho vào bãi rác công cộng.
Ngoài lượng tồn lưu và mức độ ảnh hưởng từ việc sử dụng thuốc BVTV của người nông dân chưa được kiểm soát, chưa đúng cách, liều lượng, lượng hóa chất BVTV quá hạn, cấm sử dụng vẫn còn tồn lưu tại nhiều điểm trên địa bàn tỉnh cần được thu gom, xử lý. Những năm qua, Thừa Thiên Huế đã có nhiều nỗ lực làm sạch môi trường do hóa chất BVTV, trong đó đã thực hiện thành công dự án “Khắc phục hậu quả ô nhiễm môi trường do chất độc hóa học và bãi thải chiến tranh của Mỹ ở hồ Khe Lời (Thủy Phù - Hương Thủy) và đã xử lý, tiêu hủy, vô hiệu hóa hơn 10 tấn chất độc CS, 300 quả đạn và đạn hóa học các loại. Cũng tính đến năm 2000, Sở Khoa học, Công nghệ và Môi trường tỉnh phối hợp với Bộ Chỉ huy Quân sự tỉnh đã tiến hành thu gom và xử lý tiêu độc, đốt tại chỗ khoảng 850 kg bột hóa chất độc chiến tranh CS các loại. Năm 2004, Sở Tài nguyên và Môi trường (TNMT) phối hợp với Trung tâm Công nghệ xử lý Môi trường (Bộ Tư lệnh Hóa học- Bộ Quốc phòng) thu gom hóa chất BVTV quá hạn, cấm sử dụng, cần xử lý tiêu hủy tại 35 điểm tồn trữ. Năm 2005, Sở TNMT đã tiêu hủy thành công khoảng 4.635 kg hóa chất BVTV. Năm 2012, Sở TNMT cũng đã tiến hành thu gom, xử lý tiêu hủy, vệ sinh tiêu độc kho thuốc trừ sâu quá hạn, cấm sử dụng gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng tại khu dân cư thôn Buồng Tằm (Dương Hòa - Hương Thủy) với khối lượng hơn 240 kg. Ngoài các điểm đã được thu gom, xử lý, hiện một số nơi vẫn còn những kho chứa thuốc BVTV từ thời trước có nguy cơ gây hại đến con người và môi trường đất.
Tác hại của hóa chất BVTV lên môi trường và sức khỏe con người đã quá rõ ràng, vấn đề là việc áp dụng các giải pháp về chính sách, kỹ thuật để sử dụng hợp lý, cũng như khắc phục, kiểm soát ô nhiễm đòi hỏi sự quyết tâm của cơ quan quản lý nhà nước và ý thức, trách nhiệm của người trực tiếp sử dụng.