Chùa do Chúa Nguyễn Hoàng tái thiết vào năm 1601. Năm 1665, Chúa Nguyễn Phúc Tần cho trùng tu. Năm 1710, Chúa Nguyễn Phúc Chu cho đúc quả đại hồng chung cao 2,5m, nặng 3285 cân; và năm 1715, Chúa lại cho dựng tấm bia cao 2,58m đặt trên lưng con rùa bằng cẩm thạch.

Chùa Thiên Mụ nhìn từ sông Hương


 

Vào thời Nguyễn, các Vua Gia Long, Minh Mạng, Thiệu Trị, Thành Thái đều cho trùng tu chùa. Tháp Phước Duyên được Vua Thiệu Trị cho xây vào năm 1844, tháp bát giác, 7 tầng cao 21,24m, mỗi tầng thờ một đức Như Lai. Chùa bị hư hỏng nặng năm 1943.
Từ năm 1945, Hòa thượng Thích Đôn Hậu đã tổ chức công cuộc đại trùng tu kéo dài hơn 30 năm. Chùa hiện nay vẫn được tiếp tục chỉnh trang. Chùa Thiên Mụ là ngôi cổ tự nổi tiếng nhất miền Nam. Tiếng chuông chùa bao đời nay đã an nhiên trong lòng người dân xứ Huế.

Tháp Phước Duyên
 
Chùa Thiên Mụ được bao quanh bằng tường đá xây hai vòng. Khuôn viên Chùa chia ra thành hai khu vực. Phía trước Nghi Môn gồm các công trình kiến trúc, có 24 bậc tam cấp lên xuống Tam Quan và 4 trụ biểu xây sát đường cái, từ đó có 15 bậc tam cấp dẫn đến Đình Hương Nguyện. Lui xa hơn nữa vào trong có hai lầu hình lục giác, một để bia, một để chuông. Khu phía trong Nghi Môn gồm các điện Đại Hùng, Địa Tạng, Quan Âm, nhà Trai, nhà Khách. 
 
Vườn hoa, phía sau cùng là vườn thông tĩnh mịch thoáng đãng. Toàn bộ kiến trúc của chùa được lồng vào ngoại cảnh thiên nhiên, nên thơ và hài hoà. Cảnh chùa rất thích hợp với Phật tính vì dường như ở đây là một thế giới hoàn toàn khác, như thể cách biệt với thế nhân, nhưng nó lại rất gần gũi với người mộ đạo ở chốn kinh kỳ cách đó không xa.
 
Đứng từ xa nhìn vào cũng như từ sông Hương nhìn lên, ngôi chùa nổi bật với tháp Phước Duyên trông uy nghiêm. Vòng lượn của dòng sông Hương vừa tăng vẻ huyền bí, vừa làm nổi nét nên thơ của chùa. Bức tường bao bọc Chùa được xây theo hình con rùa thò đầu xuống bến uống nước sông Hương.
 
Bên cạnh những công trình kiến trúc đã nêu, trong chùa Thiên Mụ còn có tấm bia thời Chúa Nguyễn Phúc Chu bằng đá thanh khá lớn, cao 2,6m, rộng 1.25m, dựng trên lưng một con rùa bằng đá cẩm thạch dài 2,2m, rộng 1,6m, đường nét chạm khắc uyển chuyển, tinh vi và công phu. Điện Đại Hùng là ngôi điện chính trong chùa, là một công trình kiến trúc đồ sộ và nguy nga. Trong điện, ngoài những tượng Phật bằng đồng sáng chói còn treo một cái khánh đồng khá lớn chạm hình nhật nguyệt tinh tú do vị quan người Quảng Trị là Trần Đình Ân thuê đúc năm 1677 để cúng chùa và treo một bức hoành phi bằng gỗ sơn son thiếp vàng do tự tay Chúa Nguyễn Phúc Chu ngự đề vào năm 1714.
 
“Tiếng chuông Thiên Mụ, canh gà Thọ Xương”. Theo cùng năm tháng và những biến cố của lịch sử, Chùa Thiên Mụ đã trở thành một trong những biểu tượng của Cố đô Huế, một trong những danh lam thắng cảnh và di tích lịch sử nổi tiếng nhất của đất nước.  

Lê Thục Đan ( gt)