Mục tiêu của đề án nhằm hỗ trợ nâng cao năng lực cơ sở vật chất, tổ chức và quản lý Nhà nước, đáp ứng phát triển chăn nuôi bền vững, phòng chống dịch bệnh gia súc, gia cầm, thủy sản một cách hiệu quả. Đề án góp phần thực hiện tái cơ cấu ngành chăn nuôi theo hướng nâng cao giá trị gia tăng; cung cấp thực phẩm chất lượng, an toàn cho người tiêu dùng; bảo vệ sức khỏe Nhân dân và bảo vệ môi trường sinh thái.

Hoàng Thế