Tuần tra, kiểm soát là hoạt động quan trọng trong bảo vệ và thực thi chủ quyền vùng biển, đảm bảo an ninh vùng biển. Mục đích của tuần tra mặt biển được vua Minh Mạng chỉ rõ là một việc có ba điều lợi: “Đi tuần phòng ven bể, một là để thao luyện cách lái thuyền cho quen thuộc dòng nước, một là để tập đánh dưới nước, biết rõ đường bể, khiến cho bọn giặc bể nghe tin không dám gây sự. Thế có phải là một việc mà được ba điều lợi không”.
Một trong những cái lợi trực tiếp mà Minh Mạng không đề cập đến trong bản dụ trên là bảo vệ vận tải biển, vốn được sử dụng rất nhiều trong việc vận chuyển sản vật và vật liệu ở các địa phương về Kinh đô. Những Châu bản triều Nguyễn có nội dung vào mùa vận tải thì điều phái binh thuyền ra khơi tuần tiễu để giữ yên vùng biển được chúng tôi nghiên cứu đều thống nhất nội dung trên.
Hoạt động tuần tiễu được thực hiện thường xuyên trên vùng biển, nhất là các cửa biển quan trọng, nhưng chú trọng nhiều nhất vào khoảng tháng Ba đến tháng Bảy, có khi bắt đầu từ tháng Tư và kéo đến tháng Tám âm lịch. Đây là khoảng thời gian thuận lợi cho việc vận tải đường thủy và đây cũng chính là thời điểm có nhiều cướp biển.
Công tác tuần tra được tiến hành theo chu kỳ nhất định, tùy thuộc vào thời gian có nhiều thuyền buôn và thuyền công sai đi lại nhiều hay ít. Binh thuyền phái đi cũng luân phiên thay đổi 3 tháng một. Tháng 8/1810, vua Gia Long định lại 4 điều về việc vận tải biển, trong đó có nói: “Việc vận tải cứ mỗi năm một lần, thượng tuần tháng Tư thì ra biển. Quan sở tại trước ngày ra khơi, tư ngay cho các trấn thủ các địa phương, ngày đêm đi tuần ở biển; thuyền chở đi qua, có cần giúp đỡ gì, tức thì chiếu cố và khám làm chứng, đem việc tâu lên". Tuy nhiên, cũng tùy theo từng điều kiện cụ thể mà có thể tiến hành sớm hoặc muộn hơn có khi tháng Giêng, tháng Hai đã phải tiến hành tuần thám. Đặc biệt ở các vùng biển có nhiều hải tặc thì không kể mùa nào bởi trấn thủ sở tại vốn có trách nhiệm tuần phòng...
Việc tuần tiễu, kiểm soát vùng biển nói chung được giao cho đội quân chính qui, song ở các địa phương thường được giao quyền chủ động. Để làm điều đó, Nhà nước phân ngạch các thuyền tuần tra cho tất cả các tỉnh miền Trung. Với số lượng thuyền khá lớn, nhiều chủng loại và chức năng tương ứng, triều Nguyễn đã lấy đó làm căn cứ để phân loại.
Các tỉnh lấy dân địa phương rồi lập thành các đội tuần tra để tiến hành nhiệm vụ do Nhà nước giao phó. Bản dụ thời Minh Mạng quy định “các tỉnh có hải phận, đều đóng hai, ba chiếc thuyền nhanh nhẹ, và sai Nhân dân các đảo sửa chữa thuyền đánh cá, liệu cấp khí giới để đi tuần thám”.
Thuyền ở Kinh phái và thuyền ở các tỉnh phái đi thường là phía nam đến Quảng Ngãi, Bình Thuận, phía bắc có khi tới tận Quảng Yên (Quảng Ninh ngày nay), nhưng thường là tới Nam Định. Ở các tỉnh thì công tác tuần tra đều do thủy quân ở các vệ thực hiện. Có báo cáo thường xuyên cho triều đình về thời gian đi, thuyền hiệu, số quân và dân binh, biền binh thực hiện.
Thuyền tuần biển với nhiều loại, như các loại chuyên dụng của Nhà nước hay thuyền của địa phương, thậm chí có khi thuyền đánh cá cũng tham gia công tác tuần tra. Các Châu bản cho cho thấy sự linh hoạt trong tổ chức lực lượng và phương tiện, vũ khí tuần tra. Số lần phái biền binh lớn nhất là vào ngày 30/2 năm Minh Mạng 19 (1838) với việc phái 270 biền binh trên 5 thuyền đi về phía Nam. Đồng thời, phái 220 biền binh đi trên 4 thuyền tiến hành tuần tiễu phía Bắc. Số lần phái binh thuyền đi tuần tiễu thường căn cứ vào tình hình thực tiễn, thông thường trên dưới 100 người cho mỗi lần.
Công tác tuần phòng chống cướp biển được thực hiện thường xuyên, phát hiện giặc biển thì phải tận lực đuổi bắt. Thời Tự Đức, cướp biển hoành hành. Theo thống kê của chúng tôi, chỉ tính riêng dưới thời Tự Đức, số thuyền công gặp nạn gió và cướp biển có đến 447 lần, với tỷ lệ 7,1%. Châu bản cho biết cướp biển rất nhiều, một số ví dụ như: ngày 18/4/1849, Tổng đốc Quảng Nam, Quảng Ngãi Nguyễn Lương Nhàn báo cáo về việc bọn cướp biển nhà Thanh chặn cướp thuyền buôn ở cửa sông Đại Áp. Ngày 3/3/1851, bộ Binh trình báo cáo của Phan Huy Vịnh ở Quảng Ngãi về tình hình bọn phỉ Trung Quốc qua lại hải phận vùng này, chặn cướp các thuyền buôn, làm cản trở đường giao thông hàng hải giữa hai miền Nam- Bắc. Đã cho thuyền tuần tiễu ra sức trừ nhưng vẫn chưa hoàn toàn tiêu diệt được bọn chúng.
Công tác tuần tra thường xuyên đem đến hiệu quả không nhỏ trong việc giữ yên mặt biển. Hầu hết những lần đụng độ với cướp biển thì phần thắng vẫn thuộc về thủy quân nhà Nguyễn. Bên cạnh những thành công nhất định trong tuần tra, chống cướp biển cũng có không ít những hạn chế và hệ quả là rất nhiều các quan thủ ngự các tấn sở, thậm chí cả quan đầu tỉnh bị kỷ luật nặng: Các quan Tổng đốc, Án sát, Thủy sư, Thủ ngự đều bị giáng cấp lưu nhiệm…
LÊ TIẾN CÔNG