Được triển khai từ năm 2006, Chương trình Cao học quốc tế Okayama - Huế về “Sự bền vững hệ thống nông thôn và môi trường” được thiết kế trên cơ sở kết hợp đa dạng các phương pháp giảng dạy trong khoa học tự nhiên và xã hội, lấy môi trường, kinh tế và xã hội làm trọng tâm nghiên cứu. Hằng năm, chương trình tuyển sinh 8 học viên xuất sắc đến từ nhiều vùng trên cả nước. Thời gian học là 2,5 năm. Năm đầu, học viên sẽ học các môn học liên quan đến môi trường và nông nghiệp, được trang bị cho những kiến thức mang tầm quốc tế về quản lý môi trường nông thôn và phát triển nông nghiệp bền vững. Sau khi hoàn thành chương trình 1 năm tại Đại học Huế, học viên sẽ có 6 tháng học tiếng Nhật và chuẩn bị nội dung nghiên cứu trước khi bước sang giai đoạn nghiên cứu 1 năm tại Đại học Okayama, Nhật Bản. Bằng tốt nghiệp do Đại học Okayama cấp.