Một thời gian khá dài, vùng đầm phá Tam Giang - Cầu Hai dường như khá bình yên, nhiều loài thủy sản một thời gần như mất hút nay cũng đã bắt đầu hồi sinh trở lại. Tuy nhiên, gần đây, nạn khai thác hủy diệt môi trường lại tái diễn, nguồn lợi thủy sản (NLTS), thủy sinh trên vùng đầm phá được ví là "Bảo tàng nước" lớn nhất Đông Nam Á này đang bị đe dọa.