Không chỉ gặp rất nhiều khó khăn khi sử dụng di tích Quốc Tử Giám (di tích quốc gia đặc biệt thuộc quản lý của Trung tâm Bảo tồn Di tích Cố đô Huế) làm trụ sở, Bảo tàng Lịch sử Thừa Thiên Huế còn gặp nhiều hạn chế trong việc trưng bày, áp dụng khoa học công nghệ để phát huy giá trị.

Vùng miền núi Nam Đông có nhiều công trình thủy lợi vừa và nhỏ, được đầu tư đã lâu và xuống cấp mỗi mùa mưa bão, dẫn đến khả năng tích trữ nước hạn chế gây nguy cơ thiếu nước sản xuất trong vụ hè thu. Địa phương đang chuyển đổi cơ cấu cây trồng và điều tiết nước hợp lý ngay từ đầu vụ để chống hạn.